R 临床实战From SAS to R, In Depth

● 一套开源教程 · 中文 · 可运行

从 SAS 到 R。
临床数据实战。

设计原理。工程实践。
写给想系统掌握 R 的临床 SAS Programmer 与统计编程同行。

你已懂 CDISC、懂统计、懂递交——缺的只是把这套心智翻译成 R。
本书九章 + 六个可公开获取数据的实战案例,从环境搭建一路走到 pharmaverse 与 Shiny。

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SAS 经验 DATA step · PROC · ODS R 工具链 tidyverse · data.table CDISC SDTM · ADaM · admiral TLF 与递交 rtables · Quarto · eCTD

本书用法

按章顺序读每章:概念 → 示例(易到难)→ 逐行解读 → 运行输出 → SAS 误区 → 带解析测验。代码均可复制运行。
案例动手跑六个案例附完整 .R 脚本与数据获取方式,输出为 R 4.5.0 实跑捕获;练习分易/中/难三级。
带着工作问题读每章末资源列表注明筛选理由与难度;第 8 章给出会议论文精读清单与 90 天计划。

全书目录

CH 0起步与环境R 已进入监管递交 · 安装与 renv · SAS↔R 心智映射 · GxP 验证思维 · 约 25 分钟 CH 1R 语言基础:SAS 用户对照速成向量/factor/NA · 索引与回收 · 三范式对照 · 函数与管道 · 十大陷阱 · 约 40 分钟 CH 2数据管理与 CDISC:SDTM/ADaM 的 R 实现pharmaversesdtm/scda · admiral 推导 ADSL/ADAE/ADTTE · 双编程比对 · 约 45 分钟 CH 3统计分析:从生存曲线到 MMRMggplot2 · KM/log-rank/Cox · mmrm · 混合模型 · CMH · 森林图 · 期中分析 · 约 50 分钟 CH 4临床报告:TLF 自动化rtables/tern · tableone/gtsummary · Word/Excel/RTF 导出 · Quarto 参数化 · 追溯性 · 约 40 分钟 CH 5进阶 R 与工程化:GxP 级代码函数式/环境/S3 · 性能 · 错误与日志 · testthat · CI · valtools 验证 · 约 45 分钟 CH 6R 包开发:把推导变成资产usethis/devtools/roxygen2 · 测试与 vignette · 依赖与内部分发 · 迷你包实战 · 约 40 分钟 CH 7Shiny 与交互:从脚本到应用reactive 心智 · modules · DT/plotly · teal 探索器 · 部署与 GxP 考量 · 约 40 分钟 CH 8社区与职业:pharmaverse 地图R/Pharma · China PharmaRUG · 精读清单 · 90 天计划 · 团队迁移策略 · 约 30 分钟

实战案例(公开数据)

C1SDTM→ADaM→Table 1 全链路pharmaversesdtm 合成数据 · admiral + rtables + diffdf · 约 60 分钟 C2公开肿瘤试验生存分析survival::lung(NCCTG 试验)· KM/Cox/生存曲线图 · 约 50 分钟 C3FAERS 安全信号检测openFDA API · AE 频数 + ROR/PRR 2×2 · 约 50 分钟 C4NHANES 调查加权分析nhanesA + survey · 加权估计与回归 · 约 45 分钟 C5ClinicalTrials.gov 试验景观API v2 直连 · 适应症/相位/赞助方可视化 · 约 45 分钟 C6teal 临床数据探索器复用 C1 的 ADaM · Shiny + teal 模块 · 约 40 分钟

90 天学习路径

周目标产出
1–2ch0–ch1:环境 + 语言基础跑通全部 ch1 示例;整理自己的 SAS↔R 对照笔记
3–6ch2–ch4 + C1/C2:CDISC、统计、TLF独立完成 C1 全链路并写 QC 比对脚本;复现 C2 全部图表
7–10ch5–ch7 + C3–C5:工程化、包、Shiny把 C1 的推导函数包化(ch6 实战);跑通 C3–C5 并各加一个自定分析
11–12ch8 + C6 + 复盘部署 C6 探索器;按 ch8 清单精读 3 篇会议论文并写摘要